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中山親子鑒定遵循孟德爾遺傳學原理：子女的基因型一半來自母親，另一半來自父親。由于人類為二倍體生物，因此在對人類樣本進行DNA親子鑒定時，每個檢測位點都會有兩個數字，相同數字表示純合子，不同數字表示雜合子。在對成年人和孩子的DNA樣本進行比對時，大于三個位點不符合遺傳規律的情況，意味著兩者之間不存在親子關系；而所有位點符合遺傳規律的情況，則支持兩者存在親子關系。如果少于三個位點不符合遺傳規律，則需要增加檢測位點進行判定。根據親子關系判定的技術標準，在二聯體親子鑒定無法滿足支持親子關系的標準時，需要進行增加檢測。增加檢測的方案有兩種：一是對成年人和孩子進行常規的21個基因座位點的檢測，增加至40個基因座位點；二是增加檢測未參與方父母的樣本，進行父母子三聯體親子鑒定。這樣可滿足給出鑒定意見的標準。

中山司法親子鑒定通常要求進行父母子三方都參與的三聯體親子鑒定，以確保該司法鑒定委托得到雙方父母的同意，并體現父權和母權的平等權利，避免因一方未參與而導致的否定單方的二聯體親子鑒定情況發生。三聯體親子鑒定是父親、母親和孩子共同參與的親子鑒定。根據不同的情況，三聯體親子鑒定可以確認疑父（僅確認父親）、雙親皆疑（確認疑父和疑母）。